آیتالله سید علی خامنهای و همسرشان منصوره خجسته باقرزاده، دارای شش فرزند (چهار پسر و دو دختر) هستند.
پسران:
-
سید مصطفی خامنهای (متولد ۱۳۴۴ در مشهد): فرزند ارشد است. تحصیلات حوزوی دارد و گفته میشود در قم به تدریس اشتغال دارد و با دفتر حفظ و نشر آثار پدرش همکاری میکند. او در دوران جنگ ایران و عراق به جبهه رفت و در عملیات بدر (اسفند ۱۳۶۳) مدتی مفقودالاثر بود. همسرش دختر روحانی مرحوم عزیزالله خوشوقت است.
-
سید مجتبی خامنهای (متولد ۱۷ شهریور ۱۳۴۸ در مشهد): دومین فرزند و مشهورترین آنهاست. او تحصیلات خود را در دبیرستان علوی تهران به پایان رساند. مجتبی خامنهای روحانی است و در تاریخ ۱۸ اسفند ۱۴۰۴ با رأی مجلس خبرگان رهبری به عنوان سومین رهبر جمهوری اسلامی ایران انتخاب شد. او در سال ۱۳۷۸ با زهرا، دختر غلامعلی حداد عادل، ازدواج کرد و صاحب سه فرزند است. همسر او، زهرا حداد عادل، در جریان حمله به بیت رهبری در ۹ اسفند ۱۴۰۴ به شهادت رسید.
-
سید مسعود خامنهای (متولد ۱۳۵۳): سومین پسر است که تحصیلات حوزوی دارد. او فعالیت سیاسی برجستهای ندارد و مسئولیت دفتر حفظ و نشر آثار پدرش را بر عهده دارد. مسعود خامنهای در حوزه علمیه قم به تحصیل و تدریس اشتغال دارد.
-
سید میثم خامنهای (متولد ۱۳۵7): کوچکترین پسر است. اطلاعات عمومی بسیار کمی درباره او در دسترس است و مانند بیشتر فرزندان، زندگی خصوصی دور از انظار عمومی دارد.
دختران:
-
سیده بشری خامنهای: دختر بزرگ و فرزند پنجم خانواده بود. او تا مقطع کارشناسی ارشد در رشته زبان و ادبیات فارسی دانشگاه تربیت مدرس تحصیل کرد و از خادمان حرم مطهر امام رضا(ع) بود. همسر او حجتالاسلام محمدی گلپایگانی، رئیس دفتر رهبر شهید بود. سیده بشری به همراه فرزند خردسالش زهرا محمدی گلپایگانی در حمله به بیت رهبری در ۹ اسفند ۱۴۰۴ به شهادت رسید.
-
سیده هدی خامنهای (متولد ۱۳۶۰): کوچکترین فرزند خانواده است. همسر او شهید دکتر مصباحالهدی باقری کنی، استاد دانشگاه امام صادق(ع) و فرزند آیتالله باقری کنی بود که در حمله ۹ اسفند به بیت رهبری به شهادت رسید.
